رودخانه مرزی ارس با مشکلات متعدد در حوزه های آبی و زیست محیطی و ورود پسماند صنعتی  دست به گریبان است.
رود ارس از کشور ترکیه سرچشمه گرفته و پس از طی ۱۰۷۰کیلومتر به دریای خزر می ریزد که ۴۷۵ کیلومتر از آن مرز بین کشور ایران با ارمنستان و آذربایجان را تشکیل می دهد.نیمی از این مسیر در محدوده آذربایجان شرقی و مابقی در محدوده استان اردبیل و آذربایجان غربی قرارگرفته است.
در سالهای اخیر چندین بار ساماندهی رودخانه مرزی ارس به منظور جلوگیری از تغییر مسیر رودخانه و اصلاح مسیر آن بر طبق نقشه‌های پروتکل مرزی سال ۱۳۳۴ و بازپس‌گیری اراضی که به دلیل فرسایش رودخانه به سمت ساحل ایران از دسترس خارج شده‌اند، انجام گرفته ولی هرچند سال یکبار به علت حرکت رودخانه مرزآبی بین ایران و دو کشور شمالی خود به نفع آنان جابجا میشود.
بنا بر اعلام مسئولان وزارت نیرو ، طی ۳۰ سال اخير با ساماندهي ۶۱ كيلومتري مناطق پرخطر رودخانه ارس در شمال غرب ايران ۱۲۵۰ هكتار از اراضي از دسترس خارج شده، در مرز مشترک با كشور جمهوري آذربايجان بار دیگر به خاک ايران بازگردانده شده است.
اجرای مستمر برنامه ساماندهی ارس
مدیر کل آب منطقه ای آذربایجان شرقی در همین زمینه می گوید: علاوه بر اصلاح مرز آبی میان ایران وآذربایجان و ارمنستان ، رودخانه ارس برای جلوگیری از فرسایش و تخریب اراضی مرغوب کناررودخانه و محافظت دربرابر سیلاب‌ها نیاز به ساماندهی مرتب و منطبق بر برنامه زمان بندی شده و بلند مدت دارد. در مدت یکسال گذشته نیز این رودخانه در بخش آذربایجان شرقی و غربی در قالب برنامه های ساماندهی قرار گرفته است.
یوسف غفارزاده خاطر نشان می کند: بخش دیگری از این رودخانه در آذربایجان غربی و بخشی دیگر در استان اردبیل قرار گرفته ودر این دو استان هم عملیات ساماندهی رودخانه ارس در جریان است. اما مشکل این است که این رودخانه وضعیت پایداری در بستر حرکتی ندارد.
به گفته این مقام مسئول ساماندهی رود ارس باهمکاری بخشهای مختلف دولتی و نهادهای فعال در مرز انجام می شود.
مشکل برداشت مستمر آب و ورود فاضلاب به رودخانه از طرف همسایگان
کارشناس محیط زیست می گوید: یکی از مشکلات جدی رودخانه ارس وجود سدهای متعدد بر روی آن و برداشت مستمر آب از یکسو و ورود فاضلاب های صنعتی ازسوی دیگر است.
نادر غلامی ادامه می دهد: این رودخانه مرزی با عبور از چند کشور مشکلات متعددی را متحمل می شود و مشکلات زیست محیطی آن موجب شده تا ماهی ها و موجودات زنده آبزی ، زندگی چندان راحتی در آن نداشته باشند که نمونه آن مرگ میلیون ها قطعی ماهی در چند سال اخیر در این رودخانه است.
وی ادامه می دهد: در حال حاضر شهروندان ساکن شهر جلفا و دیگر شهرهای حاشیه ای رود ارس از بوی نامطبوع رودخانه رنج می برند و حتی آبی که ازرودخانه ارس ،وارد دشت گردیان در هادی شهر هم می شود از کیفیت خوبی مطلوب نیست و تنها برای آبیاری باغات این منطقه مورد استفاده قرار می گیرد و افراد بومی برای آب تنی حتی تامین آب چهارپایان هم از این آب استفاده نمی کنند.
وی به کاهش برداشت ماهی از سد ارس هم اشاره کرده وعنوان می کند: مردمی که چند سال قبل به منطقه سفر کرده بودند شاهد وفور فروش ماهی در این منطقه مرزی توسط ماهیگیران محلی بودند اما کاهش جمعیت ماهی های وحشی آبی موجب شده تا ماهیگیری برای افراد بومی مقرون به صرفه نباشد که علت آن هم افت کیفیت آب است.
وی تاکید می کند: ورود فاضلاب ها به رودخانه ارس ازسوی کشورهای مختلف همواره مورد مناقشه بوده اما نتیجه نهایی این موضوع با تداوم برداشت بی رویه آب ارس کاهش آب سالم و افزایش غلظت آلاینده ها در آب است.
سیلاب های فصلی ارس
کارشناس منابع طبیعی و آبخیز داری با بیان اینکه رود ارس یکی از رودخانه های ناآرام و طغیان گر ایران و منطقه است می گوید: ظاهر این رود آرام اما لایه های پائین آب بسیار متلاطم است که موجب حوادث تلخ برای شناگران نیز شده است.
صمد علمداری ادامه می دهد: طغیان همیشگی و سرعت بالای آب در لایه های زیرین رودخانه ارس موجب تخریب و فرسایش بستر رودخانه و ناپایداری ساحل میشود و علاوه بر آن یکی دیگر از مشکلات رودخانه در ساحل جنوبی آن وجود شیب به سمت جنوب است .
وی خاطرنشان می کند: سیلاب های فصلی سه ماهه اول هر سال موجب افزایش تخریب حاشیه رود می شود و بنابراین مسئولان تلاش دارند دراین سه ماه حتی قبل از آن در اواخر زمستان اقدامات ایمن سازی حاشیه رود را انجام دهند.